Hola favillei,
A bote pronto, no veo problema. El usufructo es sólo darle la posesión a un tercero. El propietario, como tal que sigue siendo de la cosa cierta, puede gravarla si quiere. Por hacer una comparación rápida, es como un alquiler (vitalicio o por tiempo determinado), pero sin contraprestación. También tienes la opción de derecho de uso y habitación, que es muy parecido al usufructo, pero con restrincción de derechos por parte de quien disfrta de ellos (no puede enajenar, arrendar ni gravar el derecho)
No estoy del todo de acuerdo. Una cosa es el uso y habitación que es darle la posesión de un inmueble a un tercero y otra el usufructo que no implica necesariamente la posesión material. El 1º no puede ser objeto de hipoteca, el 2º sí. Así que como dice Talid dar el uso y habitación no parece problema. Habría que leer la escritura ya que la hipoteca puede entenderse realizada sobre el bien (el inmueble) y los derechos (el usufructo entre otros posibles) existiendo limitaciones o condiciones para su transmisión.