Disculpe, es que mi respuesta anterior iba dirigida a la consulta que efectuaba el usuario "andresaxel", por eso no casaba mi respuesta con su pregunta.
Su caso, como cualquiera en Derecho, requeriría un análisis más en profundidad para valorar todas las circunstancias por lo que, en ese sentido, podría detallarle más si así lo desea para lo cual sería necesario que me ampliara la información (puede hacerlo en el email que abajo le indico).
Pero así, groso modo, podemos tener en cuenta las siguientes cuestiones, todas ellas con carácter general y, como le digo, sin conocer las circunstancias de su caso en concreto:
Al tratarse de un menor de tan solo 2 años es muy difícil llevárselo consigo a la ciudad originaria puesto que con tan corta edad requiere de la presencia materna. Si usted se traslada a la ciudad originaria en principio es más dicífil que se estipule una custodia compartida ya que ésta requiere que haya una proximidad entre los domicilios de padre y madre que la haga posible (estamos partiendo de que son dos ciudades distanciadas entre sí, sin una cercanía que pueda salvarse con normalidad y a diario). En su caso podría pensarse a priori que las opciones de estar más cerca de su hijo con unas condiciones más favorables pasarían por instalarse usted en la segunda ciudad si nada se lo impide. En mi opinión, si vuelve usted a la ciudad de origen, teniendo en cuenta la corta edad del menor y que éste se encuentra en la segunda ciudad porque ambos se trasladaron voluntariamente (no porque se trasladara la madre con el menor unilateralmente una vez nacido este, muy importante el matiz) las medidas que pudieran fijarse para con el menor serían no sólo más "restrictivas" sino más gravosas para usted, por el simple hecho de tener que desplazarse de la ciudad 1 a la ciudad 2 para cortas visitas.
Salvo mejor opinión y sin más datos que los arrojados en la propia consulta.