Pues hay que hacer ambas cosas, son independientes. El IVA se lo tienes que cobrar igual al prestarle el servicio.
Respecto a la retención, es una obligación del que te paga, no tuya, el retenerte el 15 %. De todas maneras, por cortesía, deberías indicarle en la factura la retención, para que así te la hagan.
Soy abogada y, necesito saber si al tramitar un asunto para una sociedad limitada tengo que aplicar en la factura el impuesto del IVA o por el contrario el de retenciones, o ambos, en temas fiscales no tengo demasiada preparación y, normalmente trabajo con particulares y simplemente aplco el IVA. Gracias y un saludo