Dado que el servicio se lo prestan al vendedor que es quien las contrata, lo correcto es que la comisión la pague el vendedor.
No obstante, parece que hay muchas que cobran a ambos. Me parece muy mal pero si los compradores lo aceptan, acabará por ser una práctica habitual.
Normalmente a la agencia la contrata el vendedor, y hay casos en que la comisión la paga el comprador, o ambos, depende del acuerdo entre vendedor y agencia. Y el comprador, no tiene nada que opinar, si quiere el pido a pagar, y si no a buscar otro.
Hay dos conocidas agencias que cobran un 3% al comprador y un 3% al vendedor, no pongo el nombre por discreción.
El que contrata el servicio de un mediador, como es la agencia. El que compra es como el que va a un comercio a por algo, si lo tienen compra, si no, se va sin comprar, no contrata nada.