Sí pueden. El justificante es eso, una justificación para evitar una sanción por no presentarse al trabajo, pero no indica que deba abonarse el día de trabajo.
Buenas tardes, soy funcionario público y en un centro médico privado me han hecho una intervención. El médico me ha dado un justificante indicando lo que ha hecho y ha prescrito 12 horas de reposo. Eso hace que no haya podido ir al trabajo. Ya he presentado el justificante, pueden deducirme el pago de ese dia?