Si los complementos son conceptos salariales no hay problema. Complemento de convenio, plus de puesto, complemento actividad, asistencia, trienios, etc. Por el contrario si son conceptos no salariales afectan a la base de cotización ya que estos no cotizan. Por ejemplo: Plus de transporte, dietas, gastos de kilomettraje,etc.
No obstante, si en el convenio colectivo se establece que las pagas extras se componen sólo del salario base y la antiguedad, podrían afectar a la retribución de éstas. Si por el contrario las pagas extras corresponden a una mensualidad con inclusión de todos los conceptos, tampoco afectaría.
Completando la correctísima respuesta del compañero, determinados complementos (nocturnidad, penosidad, peligrosidad, ...) se calculan en forma de porcentaje sobre el salario base, por esto, si la retribución está distribuida en sueldo base y complementos, el importe de esos conceptos seria inferior que si toda la retribución se abona como salario base.
Saludos.