Mi caso es el siguiente: soy mexicano y llevo 5 años viviendo en Madrid (4 estudiando y uno trabajando). Mi madre tiene la nacionalidad española, que le fue otorgada gracias a la Ley de Memoria Histórica. Dado que llevo un año con permiso de trabajo estoy realizando el trámite de nacionalidad por residencia.
Por otro lado, mi novia vino a Madrid en enero a vivir conmigo y solicitó una visa de estudiante. Juntó todos los papeles que le solicitaban, los metió en el plazo requerido (un mes antes de que se venciera su visa de turista) y se inscribió a un curso.
Estuvimos ocho meses siempre al pendiente del estado de su expediente, donde siempre aparecía "En trámite". El día de ayer (6-11-2019) cambió a "Inadmitido a trámite", y resultó que ni siquiera lo procesaron y que esa resolución se dio desde junio (¡¿?!); 4 meses y jamas nos notificaron por correo.
Por ello, la solución que vemos es volvernos pareja de hecho el siguiente año (dado que llevaremos más de 12 meses viviendo juntos), una vez que yo tenga la nacionalidad, y conseguirle la residencia por ser familiar mío.
A todo esto, mi pregunta es si no habrá problema de conseguir su residencia de familiar comunitario, por el hecho de que ella se encuentre irregular en España, ya que en el portal de inmigración indican que el plazo de presentación es "tres meses contados desde la fecha de entrada en España".
No. No tendrás problema. Los "3 meses contados desde la fecha de entrada en España" aplicaría cuando, con carácter previo, ya se es familiar de ciudadano de la Unión Europea, se vive fuera de España, y se entra en España con la intención de reunirse con el familiar comunitario. En tu caso, hasta que no formalicéis la pareja de hecho, tu novia no pasa a tener la condición de familiar de ciudadano de la Unión Europea, por lo que no proceden los límites que se indican. Formalizad la pareja e hecho, y, a continuación, solicitar la tarjeta de familiar de ciudadano de la UE sin preocuparos de los plazos que indicas.