Pues muy fácil: el delito (aquellas conductas que la "sociedad" considera que deben sancionarse más gravemente por afectar a bienes jurídicos más importantes) se comete por fabricar, traficar, comercializar, etc. con drogas tóxicas (las que están incluidas en los listados de la OMS-ONU) y no por el tabaco.
Las leyes penales no entran a valorar los posibles daños físicos ni consecuencias que generan unas u otras sustancias.
Es delito lo que dice el código y no lo es el resto de conductas. Así de fácil es la explicación. Otra cosa es que no guste, sea lógico, proporcional, hipócrita, etc. Pero eso corresponde a otros ámbitos.
Saludos.