No entiendo muy bien la pregunta, pero el despacho de ejecución normalmente no va distinguir los pronunciamientos de la sentencia siendo éstos dinerarios. Quiero decir que se cobrará todo al mismo tiempo...
Si te refieres a una satisfacción parcial y saber cómo imputar los pagos, supongo que por aplicación del 1.174 CC debería imputarse a la deuda más onerosa, es decir la que tiene un mayor interés.