Imagino que con "ir a la contra de estas" se refiere a que, siendo parte en un juicio, que realice una interpretación no conforme con la circular/etc.
Las circulares o instrucciones de la Fiscalía son meramente informativas, no suponen ningún acuerdo formal con relevancia jurídica ni nada por el estilo.
El Fiscal es independiente y debe velar por la protección de la legalidad vigente. Si su actuación difiere de lo que una circular pueda haber interpretado (que alguien me corrija si me equivoco) no tiene ninguna relevancia.
Dicho esto, no descartaría incluir en el escrito de defensa la contradicción entre la actuación del Fiscal y la circular en cuestión. En cierto modo, podría valer como argumento a favor, pero sin olvidar que no son vinculantes para el juez.
Si una circular/instrucción/consulta enviada por la Doctrina de la Fiscalia explica como interpretar una ley o a qué se refieren partes del texto de esta, ¿pueden los fiscales ir a la contra de esta(s) ?