Si, puedes venderlo embargado, hipotecado..., otra cosa es que alguien te lo quiera comprar ya que al comprar el piso lo hace con todas las cargas. Por tanto el piso valdra menos si tiene cargas pendientes de ejecutar.
Para dejarlo libre de cargas lo que debes hacer es pagar a quien te lo embargo y luego instar a quien te lo embargo a que solicite la cancelacion del embargo.