El software solamente es patentable en Europa si aporta una ventaja técnica, por ejemplo un software para mejorar el funcionamiento de una máquina.
El software de un programa para tratar únicamente datos sin ninguna aplicación técnica no es patentable, sino que se debe proteger como propiedad intelectual. Sin embargo, en Estados Unidos sí que es patentable cualquier tipo de software.
Yo creo que no es posible patentarlo, ya que el artículo 4.4. c) de la Ley de Patentes excluye expresamente los programas de ordenador de la consideración de "invenciones".
Sin embargo, si que resulta posible registrar los programas informáticos como propiedad intelectual; así lo recoge el artículo 10.1.i de la Ley de Propiedad Intelectual.
La protección es algo distinta a la de las patentes, pero creo que será más fácil que te concedan el registro por esta vía.