Le recomiendo que lo liquide en Madrid (imagino que pretende acogerse a la reducción establecida en su comunidad, y que no existe en castilla-león).
En principio y en todo caso, debería liquidarse en el domicilio fiscal de quien recibe la donación, que es el obligado al pago.
Por tanto, y aunque está usted en lo cierto respecto a la obligación de liquidar en Castilla-León, yo intentaría presentarlo en Madrid y a ver qué pasa.