Es un trámite que se presenta y se desarrolla ante el Registro Civil. El proceso se inicia con una solicitud que puede ser presentada físicamente o remitida por correo a cualquier Registro Civil, mi consejo es que lo presente ante el Registro más próximo a su domicilio. Con carácter general, se solicitan:
1. Un escrito donde formalice la solicitud de rectificación de sexo.
2. DNI
3. Certificado literal de nacimiento.
En el caso de ser menores entre 12 y 14 años se necesitará autorización judicial.
Le dejo el enlace al Ministerio de Justicia donde se detalla todo lo necesario para tramitar el cambio: