No soy un experto, pero tengo un problema similar y estoy pagando las consecuencias de no haber sabido un poco mas sobre este asunto.
La disolución de comunidades tributa según comunidades entre el 0,5 y el 1,2 por ITP (creo) y debes tributar por el valor fiscal que puedes consultar en tu CCAA pero que es distinto en cada municipio. Por ejemplo en Pamplona 3 veces el catastral o en Alicante 2,5 veces.
No te aseguro que mi respuesta sea correcta , pero mas o menos por ahi va el tema.