Mediante recurso de inconstitucionalidad.
Entiendo que en el supuesto que expones resultaría especialmente complicado determinar el alcance de la decisión del TC. Por una parte el gobierno no tiene capacidad para aprobar una Ley Orgánica (aunque el artículo 86 CE no lo plasma así la jurisprudencia entiende que no puede aprobar por decreto ley leyes orgánicas), pero por otra el contenido de la misma se circunscribe dentro del ámbito de una ley ordinaria por lo que la sentencia podría limitarse a modificar su rango normativo pasando a reconocer su carácter de ley ordinaria.
Si el Gobierno saca una ley organica regulando una materia que no esta establecida por la Constitución como propia de laye orgaanica (artículo 81CE). (por ejemplo una Ley organica que regule regula el régimen urbanístico del suelo y las valoraciones urbanísticas.).