Estimado amigo:
Como muy bien señala el compañero JESUSFER la Tesorería General de la Seguridad Social no te va a poner ningún inconveniente respecto a que estes dado de alta en el Régimen General como trabajador por cuenta ajena y en el Régimen de Autónomos como trabajador por cuenta propia.
Eso si debes consultar en la Delegación de la Tesorería cuales son los coeficientes reductores a aplicar puesto que al estar en los dos regímenes se aplican una serie de coeficientes reductores que se pueden aplicar a la base reguladora.
Por otra parte recuerda que si eres menor de 30 años desde 1 mayo de 2003 tienees una reducción en la base durante los dos primeros años de actividad empresarial, aunque en este caso al cotizar menos te da derecho a menos prestación en la baja o en la jubilación.
En principio no hay ningún problema en estar dado de alta en dos regímenes de la Seguridad Social. Por una parte en el Régimen General, como trabajador por cuenta ajena, y de otra como trabajador por cuenta propia en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos. Ahora bien, deberás no concurrir en competencia desleal con la misma actividad que desarrollas en tu empresa.