La amortización de inmovilizado, se calcula mediante la aplicación de unos coeficientes que hacienda ha confeccionado, dependiendo del elemento que se trate y de la actividad que se realice. Dichos coeficientes tienen un periodo mínimo y un coeficiente máximo, es decir, que dentro de unos parámetros puedes amortizar los diferentes elementos del inmovilizado, dicho esto, puedes aplicar el mínimo intentando que las perdidas sean las minimas para que tus fondos propios no sean negativos.
Contestando a tu segunda duda, los fondos propios pueden ser negativos , pero no "eternamente" es decir , que tendrías que realizar una ampliación de capital, para conseguir que no se descapitalice la sociedad.