Hola otra vez.
Cuando una persona transmite la totalidad del patrimonio empresarial, esta se encuentra exenta de I.V.A.. Pero para ello es requisito fundamental transmitir el inmovilizado material e inmaterial, entiéndase fondo de comercio, etc, etc.
Entiendo entonces que si el autónomo sigue ejerciendo la actividad, se reserva una parte del negocio, con lo cual no existe transmisión del 100% del negocio.
Por tanto la operación estaría sujeta y no exenta al I.V.A.
Por otro lado se supone que todos los bienes están afectos por lo que deberías añadir el beneficio calculado conforme tu explicas "Precio de venta - (Precio de compra-Amortizaciones)".
Como excepción creo que si existen bienes inmuebles no deben incluirse en el beneficio de la actividad si no declararlos a parte como ganancia patrimonial.
Saudos.
En principio no deberias tener ningún problema para deducir el I.V.A., solo debes presentar un 036 dándote de alta en la obligación de presentar declaraciones de I.V.A.
Respecto a la fecha de la factura y creación de la C.B., debes tener en cuenta que aunque hayas formalizado el contrato de cosntitución postertiormente, la Comunidad se entiende formalizada por el mero hecho de poseer un bien común, es decir el día de firma de la escritura.
Un saludo.
