Puedes hacerlo sin ningún problema. Hay que hacer tantas autoliquidaciones como herederos o legatarios haya, pero no es obligatorio que todos lo verifiquen al mismo tiempo (allá ellos quienes no lo hicieron en tiempo hábil).
De manera que para la autoliquidación de uno solo, llenarás el impreso haciendo constar la masa hreditaria total, incrementada en el ajuar familiar y deducidas las cargas y de lo que resulte deberás hacer constar su participación heredeitaria individual (la mitad si son dos herederos, un tercio si son tres, etc), al resultado le aplicas las tablas correspondientes con las deducciones de la cuota que corespondan y liquidas el impuesto. Es muy simple.
Un saludo.