Si entre noviembre de 2002 (momento en que compraste la casa) y 2006 estabas empadronado en Vitoria y además presentabas la declaración de Renta también en Vitoria, tú mismo/a estás poniendo en evidencia que la casa de Treviño no es tu residencia habitual (aunque lo sea).
Lo del empadronamiento lo podrías llegar a explicar (difícilmente) como que ha sido un despiste u olvido, pero en las declaraciones de Renta que has estado presentando tú mismo habrás hecho constar un domicilio de Vitoria como que es el tuyo, y Hacienda no va a admitir ahora tan fácilmente que digas que ese no era tu domicilio.
Pregunta en la propia Agencia Tributaria las soluciones que tienes, pero la verdad es que creo que lo tienes difícil.
Mi caso es curioso. Me compré una casa en el 2002. Esta casa es vivienda habitual, pero no he estado empadronado en ella hasta el 2006, aunque sí viviendo en ella. El caso es que me he estado desgravando por vivienda habitual en Álava, pero la casa está situada en Treviño que pertenece a Castilla y León aunque tengamos Vitoria a 10min. El caso es que yo no sabía que no me podía desgravar esta casa en álava aunque yo trabaje aquí y me reclaman 8000€ de los años anteriores. Además la casa la compré en Noviembre estando empadronado en Vitoria. La cuestión es: Puedo rehacer las declaraciones desde el 2002 en Castilla y León????. Muchas gracias de antemano.