Mientras le llame a Vd. papá, no hay problema. Si nota que el niño está confuso y le pregunta, sencillamente, se lo explica de manera sencilla para que entienda la diferencia, sin darle excesiva importancia al hecho. Si la cosa va a más, contrate a un psicólogo para que lo evalúe estando en casa con Vd. y sin que el menor sepa que se le está evaluando. Si las conclusiones de quien evalúe aconsejan algún tipo de actuación, entonces, toma la decisión.
Un saludo.