Está muy bien que tengas la duda, porque esta profesión siempre es así. Y nuestros próceres se esfuerzan en dificultar nuestra labor, sobre todo, con la llamada a la unidad con la Jurisdicción Contecioso Administrativa. Esta Jurisdicción Contenciosa sólo se da para la responsabilidad patrimonial de la administracion, que es, en términos civiles, la responsabilidad extracontractual. Si te basas en compras, de seguro que no se trata de responsabilidad patrimonial o extracontractual, por lo que no sirve el criterio de unidad de jurisdicción contencioso para la responsabilidad patrimonial, porque no estás ante una responsabilidad patrimonial de la Administración.
Necesitas ir a otro criterio para delimitar la jurisdicción. Y este lo da la naturaleza del contrato. Empieza por el Texto Refundido de la ley de Contratos del Estado, art. 5 y ss. del RDLeg. 2/2000, de 16 de Junio.
SI vas a la vía civil, es necesario que presentes la reclamación previa que regula la Ley 30/1992.