Al ser administradir único entiendo que tiene el control de más del 50% de la sociedad, entonces tiene dos opciones: si los estatutos reconocen una retribución recibirla con los requisitos correspondientes o si es autónomo facturar los servicios.
Respecto a la contabilización, bajo mejor opción, debería dejarlo en pendiente de retribución en salario y en factura, pendiente de pago.
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Soy administrador único retribuido de una pyme. Desconozco si existe algún baremo para hacer mi nómina y realizo trabajos puntuales para la empresa, de dos ó tres días al mes. Por otro lado, si no hay fondos en caja, debo contabilizar la nómina como salarios pendientes de cobro.